Двигатели Лексус IS первого поколения это довольно известные и популярные рядные четверки 3S, 2-х литровые рядные шестерки 1G и всем известный рядный шестицилиндровый 2JZ, рабочим объемом 3 литра, устанавливаемый на топовую IS300. В отличие от супровского 2JZ-GTE, на IS использовался атмосферный вариант 2JZ-GE.

Второе поколение получило совсем другую линейку силовых установок: популярный 2.5 л — 4GR, 3 литровый 3GR, известнейший 3.5 л. 2GR. На вершине модельной линейки стоял 5 литровый 2UR-GSE, устанавливаемый на спортивный IS F. Кроме бензиновых моделей, существовали и версии с дизельным мотором — IS200d и IS220d. Для этих авто использовался 2.2 литровый двигатель 2AD.